Il déménagea à l’âge de trois ans et fut élevé dans la Kansai, région japonaise comparable au sud de la France, avec des habitants à l’accent puissant et au tempérament sanguin. Grand fan de cinéma, il réalise plusieurs petits courts-métrages en 8 mm au collège. Il rentre à Konami en 1986 et commence directement au poste de game planner (chef de projet). Actuellement marié et père d’un petit garçon, il dirige son équipe de son bureau à l’entrée duquel est placardée la citation suivante : créer un jeu n’est pas un travail! C’est un sacerdoce!  
 
Arrivé dans le monde des Jeux vidéo, Metal Gear sur MSX fut sa première production. Alliant, discrétion et action, Metal Gear est le précurseur du genre désormais très prisé de Jeu d'infiltration. C'est avec sa suite presque dix ans plus tard, Metal Gear Solid sorti sur Playstation, que Hideo Kojima acquit ses lettres de noblesses, a la fois dans le monde du jeu vidéo mais aussi aux yeux du grands public. Une aventure épique, un scénario étonnant de complexité, un parti pris politique et surtout une réalisation graphique et technique qui a littéralement fait franchir un cap supplémentaire aux Jeux vidéo sur console, de part les nouvelles possibilités qu'elle propose aux joueurs, mais aussi (et surtout) grâce a sa mise en scéne, a mis chemin entre les chorégraphies Hong-Kongaises et l'action Hollywoodienne, qui a imposer depuis un nouveau standard en terme de « prise de vue » de l'action. Paradoxalement, c'est avec des titres passés inaperçus en Occident lors de leur sortie, comme Snatcher ou Policenauts, que Hideo Kojima a forgé le génie qui caractérise désormais ses réalisations. En ce sens, Metal Gear Solid est une compilation de toute son expérience et du savoir-faire qu'il a acquis durant sa vie de créateur de jeux vidéo. Depuis, Kojima est resté fidèle a ses principes, développant et réalisant Metal Gear Solid 2, réalisant Zone Of The Enders 1 & 2 et élaborant Boktai 1 & 2, jeu astucieux basé sur la luminosité ambiante. 
 
Avec la sortie récente de Metal Gear Solid 3, Kojima boucle la boucle et met fin a la série la plus emblématique de ce génie de la programmation et de la mise en scéne.